Στόχος της Μονάδας Ευρωπαϊκής Θαλάσσιας Πολιτικής είναι να συνεισφέρει προς τη διαμόρφωση και εφαρμογή μιας Ελληνικής Πολιτικής Ευρωπαϊκής Διακυβέρνησης στον τομέα της θαλάσσιας πολιτικής. Προς την κατεύθυνση αυτή, η μονάδα αποσκοπεί στην ανάδειξη των ελληνικών θέσεων, όπως αυτές διαμορφώνονται μέσα από τη σχέση μεταξύ των θεσμικών παραγόντων και την επιρροή των ομάδων πίεσης, στην αποτίμηση των ελληνικών προσπαθειών για την προώθηση των συμφερόντων της χώρας μας, κατά τη διαμόρφωση ή αναθεώρηση πτυχών της ευρωπαϊκής θαλάσσιας πολιτικής, καθώς και στην αποτίμηση της εφαρμογής εκ μέρους της Ελλάδας των σχετικών με τη θαλάσσια πολιτική ευρωπαϊκών αποφάσεων.

Η Μονάδα φιλοδοξεί να αποτελέσει έναν συνεκτικό κρίκο μεταξύ επιστήμης, ναυτιλίας, επιχειρήσεων και άλλων φορέων, σε ευρωπαϊκό, εθνικό και περιφερειακό επίπεδο, καθώς και του δυναμικού των νέων ανθρώπων που διαθέτει η χώρα μας. Επιπλέον, μέσω των εκπαιδευτικών προγραμμάτων μας στοχεύουμε και σε μια πιο πρακτική και εφαρμόσιμη συνεισφορά.